Po završení studia dekorativního sochařství sedmadvacetiletý Novák, vybaven již značnými odbornými zkušenostmi (za studií si přivydělával jako řezbář, modelér a sochař, a byl plně finančně soběstačný), založil vlastní sochařskou a řemeslnickou firmu, uměleckoprůmyslový závod pro práce ornamentální a figurální. Na krátkou dobu byl jeho společníkem spolužák a přítel, sochař Josef Václav Pekárek (1873 – 1930), nejprve také žák Uměleckoprůmyslové školy a posléze absolvent sochařské školy Josefa Václava Myslbeka na Akademii výtvarných umění z roku 1898. Na podzim roku 1902 ale Pekárek přijal místo profesora kreslení na průmyslové škole v Jaroměři a závod opustil. První prostory firmy měly oba společníci pronajaté na nezastavěné parcele ve Svobodově ulici č. 137 (proti železničnímu nádraží Praha Vyšehrad); když se ale Novák stal v roce 1902 jediným majitelem závodu, zbudoval si na stejném místě nový ateliér se štukatérskou dílnou a s dílnou pro výrobu kamnářských forem, který se v roce 1903 stal součástí novostavby secesního domu v jeho vlastnictví, (dům vyprojektoval a postavil architekt a stavitel Matěj Blecha).
Založení firmy bezprostředně podnítil bouřlivý rozvoj stavební činnosti na přelomu 19. a 20. století. Dekorativní výzdoba novostaveb a přestaveb proto až do dvacátých let 20. století v její činnosti převažovala. První zakázky firma získala v Praze (již v roce 1899 na výzdobě budov kadetní školy na Mariánských hradbách na Hradčanech a kuchařské školy v Lazarské ulici), ale brzy se její působnost rozšířila téměř na celé území Čech a Moravy, a také do Slezska a do Haliče, ojediněle i do Srbska. Výtvarné práce pro vnitřní i vnější architekturu prováděl Novák pro stavitele a architekty, k nimiž zejména náleželi Antonín Balšánek, Otakar Bém, Matěj Blecha, Jan Alois Čenský, Josef Fanta, Kamil Hilbert, Josef Chochol, Jiří Justich, Jan Kotěra, Emil Králíček, krátce i Václav Nekvasil, Rudolf Němec, Karel Vítězslav Mašek, Antonín Pfeiffer, či Osvald Polívka; na výzdobě se obvykle podílel s řadou dalších sochařů (zvláště Josef Václav Pekárek, Ladislav Šaloun nebo Čeněk Vosmík, jejichž sochařské návrhy také často ve své dílně zhotovoval; dále Quido Kocián, Josef Mařatka, Eduard Piccardt, Štěpán Zálešák) a malířů (například Václav Jansa, Karel Špillar, Karel Ladislav Klusáček, Josef Wenig). Dekorativní výzdoba, prováděná Novákovým ateliérem, se týkala staveb rozmanitého účelu a různorodé architektury; patřily k nim budovy škol (v Jaselské ulici v Brně, v Karlíně v Praze, v Kuklenách u Hradce Králové), bank, záložen a pojišťoven (v ulici 28. října, na Rašínově nábřeží a ve Vršovicích v Praze, v Kolíně, v Hradci Králové, v Lovosicích, v Moravské Ostravě, v Bródech a ve Lvově v tehdejší rakouské části Haliče, v Bělehradě v Srbsku), hotelů (Grand hotel v Hradci Králové, hotel Beránek s divadelní budovou v Náchodě, hotel Palace v Jindřišské ulici v Praze), správních i výrobních budov továren (tiskárny v Lounech a na Václavském náměstí v Praze, cukrovary v Mělníku a v Ratboři u Kolína, textilní továrna v Úpici, automobilka Laurin a Klement v Mladé Boleslavi) nebo rodinných domů a vil (Hranice na Moravě, Hradec Králové, Ústí nad Orlicí, Mladá Boleslav, Nymburk). Těchto prací ale nejvíce Novák provedl v Praze, kde kromě výzdoby řady nově postavených rodinných a činžovních domů (například na Václavském náměstí, v Karlíně, na nábřeží u Žofína, v Pařížské ulici, na Příkopech, v Podskalské ulici), hojně participoval, ještě i v meziválečném období, také na opravách mnoha historických budov (například paláců na Malé Straně, Černínského paláce na Loretánském náměstí, Španělského sálu na Hradčanech, Brožíkovy síně na Staroměstské radnici nebo na budově Invalidovny v Karlíně). Zvlášť prestižní pro Novákův závod byla koncem prvního desetiletí jeho existence spoluúčast na výzdobě Nádraží Františka Josefa, dnes Hlavního nádraží a Obecního domu, dvou novostaveb reprezentujících jeden z vrcholů české výtvarné secese.
Mezi další prestižní zakázky Novákova ateliéru lze také počítat práce provedené u příležitosti významných dobových společenských událostí. Pro architekta Jana Kotěru vyzdobil v roce 1902 dřevěný výstavní pavilon Spolku výtvarných umělců Mánes pro výstavu francouzského sochaře Auguste Rodina (byl zbořen v roce 1917), v roce 1907 při příležitosti návštěvy císaře Františka Josefa v Praze pro architekta Antonína Balšánka a sochaře Ladislava Šalouna ozdobil slavobránu u Národního divadla a pro architekta Josefa Fantu slavobránu na Václavském náměstí, v roce 1908 se podílel na výzdobě řady pavilonů pro jubilejní výstavu Obchodní a živnostenské komory na pražském výstavišti.
K budovám a objektům, na jejichž vnitřní nebo venkovní výzdobě se Novákův ateliér podílel, ještě náleží například v Praze palác Koruna na Václavském náměstí, budova filtrační stanice v Podolí, Kolumbárium na Olšanských hřbitovech, mimo Prahu pak radnice v Jílovém u Prahy, tzv. Stárkův dům v Táboře, zámek hraběte Kolowrata v Přimdě na Šumavě nebo Městské muzeum v Hradci Králové.
K nejznámějším Novákovým vlastním realizacím dekorativní výzdoby pro architekturu se dnes řadí zejména reliéf alegorické figury na fasádě Kotěrova činžovního domu na Václavském náměstí v Praze z roku 1900 (architekt Jan Kotěra, druhý reliéf zpracoval Josef Václav Pekárek), ornamentální vlys fasády školní budovy ženského spolku Vesna v Brně z roku 1902 (architekt Antonín Pfeiffer, v témže roce za tento návrh získal cenu na výstavě dekorativního umění v Paříži), výzdoba fasády domu spisovatele Jaroslava Hilberta na nábřeží u pražského Žofína z roku 1905 (architekt Kamil Hilbert), reliéf sv. Václava na fasádě budovy základní školy v pražském Karlíně z roku 1905 (architekt Jan Sakař), štuková výzdoba interiéru císařské čekárny v budově Hlavního nádraží z roku 1907 (architekt Josef Fanta), figury orlů na portále úvěrové záložny v Hradci Králové z roku 1908 (architekt Jan Kotěra), celková štuková výzdoba a některé portrétní medailony v interiéru Smetanovy síně, dvojice měděných světlonošů nad pylony vstupního portálu, soubor maskaronů nad okny prvního patra, štukové provedení městských znaků a florální ornamentiky na fasádě průčelí Obecního domu z roku 1909 (architekti Antonín Balšánek a Osvald Polívka), reliéf Vjezd královny Elišky na fasádě rodinného domu v Nymburce z roku 1910 (architekt Antonín Pfeiffer) nebo oválné kartuže na obvodu balkónu divadelního sálu v budově hotelu Beránek v Náchodě z roku 1913 (architekt Alois Čenský).
Další rozsáhlou oblast v Novákově dekorativní tvorbě představovaly sakrální nebo církevní objekty. Podílel se zvláště na výtvarném řešení dekoru stropů, stěn, oltářních prostor, kazatelen, nebo fasád, a hojně též na realizaci cizích výtvarných zakázek (reliéfů, kartuší, poprsí), při opravách kostelů v Praze (Strahov, Staré Město), ve Slavkově u Brna, na Svaté Hoře u Příbrami, v Čáslavi, v Černoušku u Roudnice, v Bystřici u Benešova, v Klatovech, v Kratinohách u Chlumce nad Cidlinou, Spolupracoval při úpravách biskupské rezidence v Hradci Králové a refektáře kláštera augustiniánů v Brně (dnes tzv. Mendelárium), v němž v roce 1906 kromě dekorace stropu, vytvořil krb a poprsí moravských markrabat; pro kapli téhož řádu v Luhačovicích také navrhl obřadní pomůcky (kříž, svícny, kalich). V letech 1907-08 společně s řadou soudobých výtvarníků (Jožka a František Úprkovi, Luděk Marold, Jano Köhler, Štěpán Zálešák a další) vytvořil interiér novostavby farního kostela v Mariánských Horách u Ostravy; v době první světové války pak v tomto kostele ještě nanesl nad hlavní oltář reliéf Vzkříšení. Následně samostatně vyzdobil novostavbu kostela v Golešově v tehdejší rakouské části Slezska (dnes v Polsku) a pro kapli sv. Jana Křtitele ve svatováclavském dómu v Olomouci ztvárnil v roce 1917 umělokamenný náhrobní reliéf kardinála Františka Bauera. Od prvního desetiletí až do začátku dvacátých let 20. století rovněž spolupracoval při rekonstrukci sochařských památek ve Svatovítské katedrále na Hradčanech. Pro posledního stavitele tohoto chrámu, architekta a památkáře Kamila Hilberta vytvářel zejména modely pro kamennou výzdobu a modely pro kopie soch. K některým historickým sochám (z hradčanského chrámu, z kaple sv. Kateřiny hradu Karlštejn a z dalších objektů), jejichž modely pro Hilberta zpracoval, získal Novák reprodukční právo a mohl zhotovovat jejich kopie v různých velikostech pro komerční užití. Jedna z jeho kopií sochy sv. Václava (podle originálu Petra Parléře z roku 1370) reprezentovala české gotické umění na Světové výstavě v Barceloně v roce 1929.
V počátcích své profesionální dráhy se také Novák věnoval keramice. Kromě drobných uměleckých předmětů (sošky vázy, svícny, popelníky, portrétní reliéfy významných osobností) se především zabýval dekorem kamnářských a krbových kachlí, jejichž ozdobné prvky vnímal jako důležitou funkční složku celkového pojetí výzdoby interiéru. Protože domácí trh byl hlavně odkázána na dovoz ze zahraničí, zřídil v roce 1902 vlastní výrobnu kamnářských forem a jeho výtvarné návrhy této keramické komodity, oceňované pro vyváženost geometrických a rostlinných prvků, se záhy uplatnily (nejprve ve spolupráci s pražskou keramickou firmou Kasalovský, následně s firmou Lichtenštejnů v Rakovníce a s jejich dekorativním návrhářem profesorem Janem Benešem) i v exportu do rakouských a balkánských zemí nebo do severní Itálie. Několika pracemi z této oblasti své tvorby se zúčastnil v roce 1904 v Praze kolektivní vánoční výstavy Uměleckoprůmyslového muzea. V témže období se také zabýval medailérstvím a v roce 1907 vytvořil sletový odznak pro 5. všesokolský slet v Praze.
K rané Novákově tvorbě se rovněž řadí i pamětní desky, první byla geologa Jana Krejčího z roku 1904 (osazena u Vyšehradského tunelu); další pak vytvořil ve dvacátých letech, například desku Omladinářů z roku 1924 (osazena na stěně Novoměstské radnice při příležitosti 30. výročí soudního procesu s Omladináři) nebo desku Neznámého vojína (osazena 1926 na stěně Staroměstské radnice).
Na prosperitě ateliéru, o níž vypovídal objem prací pro řadu předních architektů a sochařů, se významně podílel také kolektiv Novákových spolupracovníků, k nimž náleželi jak řemeslníci, štukatéři a modeléři (například Ladislav Kudrna, Antonín Zítek), tak sochaři a architekti (například Antonín Mára, Antonín Štrunc, Miloslav Tolar, Antonín a Bohumil Waigantové), jimž firemní zakázky často umožňovaly prezentovat i vlastní práce. Výkony dobře zapracovaných zaměstnanců a podíl bratra Františka na řízení provozního chodu závodu vedly Nováka již v roce 1909 dokonce k rozhodnutí, že nadále bude firmu jen dozorovat a pokusí se získat místo učitele modelování a dekorativního kreslení na odborné škole sochařské a kamenické v Hořicích; učitelské místo ale nezískal. Dlouhodobý rozvoj firmy pak výrazně nenarušila ani první světová válka, i když stavební práce značně utlumila (sám Novák byl odveden, avšak podařilo se mu z vojenské služby vyreklamovat).
Vznik samostatného státu v roce 1918 znamenal obnovení stavebního ruchu, ale současně i završení etapy výtvarných projevů secesního slohu. I když následný rozvoj nových uměleckých směrů a funkcionalistické architektury také proměnil dosavadní pojímání dekorativní výzdoby interiérů a fasád, nijak razantně se Novákova ateliéru nedotkl. V zakázkách pro architekturu začaly sice převažovat práce památkářské a restaurační při opravách historických nebo starších budov, ale zároveň vzrostla poptávka po sochařské tvorbě reprodukční,
která od počátku představovala významnou i oceňovanou oblast Novákovy umělecké činnosti. Již v období před první světovou válkou si v jeho závodě nechávali zpracovat (vesměs v souvislosti s pracemi pro architekturu) návrhy soch, reliéfů nebo bust jeho kolegové a spolupracovníci, zvláště pak Ladislav Šaloun, Josef Václav Pekárek, Čeněk Vosmík nebo Karel Pavlík.
Za unikátní reprodukční práci z této doby je možné považovat i realizaci „kašírovaného“ zkušebního modelu pomníku Jana Husa. Podle prvního návrhu sochaře Ladislava Šalouna a projektu architekta Antonína Pfeiffra jej Novákův závod zhotovil pomocí dřevěných žebrových konstrukcí za šest týdnů na Staroměstském náměstí v Praze v roce 1907; sádrový model vysoký až pět metrů usnadnil zejména volbu prostorového umístění sousoší (které bylo podle dalšího Šalounova návrhu zhotoveno kamenickou firmou Palouš a slevačskou firmou Srpek v letech 1913 až 1915).
Reprodukční tvorba Novákovy dílny od prvního desetiletí až do 30. let 20. století také obsáhla množství sádrových modelů budov (například Prašná brána, Rudolfinum, Státní zdravotnický ústav na Bulovce), mostů (například most Legií), technických objektů (například vodárna ve Vršovicích, plynárna v Michli, vodní přehrada ve Vraném nad Vltavou) a plastických map pro potřeby architektů a projektantů (zejména Antonína Balšánka, Jan Kotěru, Josipa Plečnika nebo Dušana Jurkoviče).